Revizioni lidhur me punën e Regjistrit Qendror ka konstatuar parregullsi të shumta, siç janë shitja e automjeteve pa pëlqimin e Qeverisë, mospërputhje në evidencën e të ardhurave dhe mosfunksionimin e regjistrave të caktuar. Gjithashtu, janë evidentuar probleme me borxhet, parregullsi punësimi, paqartësi ligjore që ndikojnë në efikasitetin e institucionit.
Në raportin e Entit Shtetëror të Revizionit është konstatuar se për disa objekte ndërtimore në vlerë blerëse prej 186.635 mijë denarë, të cilat i janë dhënë Regjistrit Qendror, janë konstatuar në mënyrë jo të rregullt evidenca kontabël. Shkak për këtë situatë është bërë trajtimi i papërshtatshëm i projekteve të ndërtimit si mbështetje shtetërore, gjë që ndikon në të dhënat e paraqitura në raportet financiare, thuhet në raportin e Entit të Revizionit.
